Όρος Σμόλικας (2.637μ)
Η περιοχή αυτή του δικτύου Natura 2000 περιλαμβάνει ολόκληρο σχεδόν τον ορεινό όγκο του Σμόλικα (19.975 εκτάρια) από τον Κερασοβίτικο ποταμό και την κορυφή Βούζιον στα βόρεια έως τον ποταμό Αώο στα νότια και από το Σαμαρινιώτικο ρέμα στα ανατολικά έως την κορυφή Κλέφτης (1846μ.) στα δυτικά. Το 90% της έκτασης της περιοχής αυτής του δικτύου Natura 2000 ανήκει στο Νομό Ιωαννίνων και συγκεκριμένα στο Δήμο Κόνιτσας και στις Κοινότητες Διστράτου και Φούρκας, ενώ το 10% ανήκει στο Ν. Γρεβενών.
Χαρακτηρίζεται από υποαλπικά λιβάδια, εκτεταμένα δάση μαύρης πεύκης και λιγότερο ελάτης, εξαίσια δάση και συστάδες με ρόμπολα, δάση οξυάς και στα χαμηλότερα υψόμετρα δάση διαφόρων ειδών δρυός, που σταδιακά επεκτείνονται και προς τους εγκατελειμένους πλέον αγρούς. Η περιοχή αυτή του δικτύου Natura 2000 διατηρεί εξαίσια ενδιαιτήματα σπάνιων ειδών άγριας πανίδας, όπως της αρκούδας, του ζαρκαδιού, του αγριόγιδου, ορισμένων αρπακτικών πουλιών κά. Από το 2005 ο Σμόλικας εντάσσεται στο Εθνικό Πάρκο της Βόρειας Πίνδου.
Όρος Τύμφη (2497μ)
Στα νότια της ευρύτερης περιοχής της Κόνιτσας και στα όρια με την περιοχή του Ζαγορίου εντοπίζεται ο ορεινός όγκος της Τύμφης, ψηλότερη κορυφή της οποίας είναι η «Γκαμήλα» (2497μ). Οι δυτικές απολήξεις του βουνού αυτού, που περιλαμβάνουν τις απότομες πλαγιές των κορυφών «Πλόσκος» (2377μ), «Δρακόλιμνη» (2080μ), «Λάπατος» (ή Λάζαρος) (2254μ) και «Τσούκα Κούλα» (1529μ), ανήκουν στην Κόνιτσα.
Βασιλίτσα
Περιλαμβάνει το όρος Βασιλίτσα (2.249μ.) από τα χωριά Αβδέλλα και Σμίξη στα ανατολικά, έως το Δίστρατο στα δυτικά και τον ποταμό Αώο στα νότια. Εχει έκταση 8.012 εκτάρια από τα οποία το 60% ανήκει στο Ν.Γρεβενών και το 40% στο Ν.Ιωαννίνων (κύρια στην Κοινότητα Διστράτου). Το γεωλογικό υπόβαθρο συνίσταται από φλύσχη και οφιόλιθο. Βρίσκεται στο μέσον της ορεινής ζώνης που συνδέει τον Ε.Δ.Πίνδου (Βάλια-Κάλντα) με το Σμόλικα. Όσον αφορά στη βλάστηση περιλαμβάνει υπαλπικά λιβάδια, δάση κωνοφόρων (κύρια μαύρης πεύκης αλλά και αραιά δάση και ωραίες συστάδες με ρόμπολα), δάση οξυάς κά. Η περιοχή αυτή του δικτύου Natura 2000 διατηρεί εξαίσια ενδιαιτήματα σπάνιων ειδών άγριας πανίδας, όπως της αρκούδας κά. Από το 2005 η Βασιλίτσα εντάσσεται στο Εθνικό Πάρκο της Βόρειας Πίνδου.
Όρος Γράμμος (2.521μ)
Το τμήμα του όρους Γράμμος που περιέχεται στο δίκτυο Natura 2000, έχει συνολική έκταση 34.468 εκτάρια και μοιράζεται στους Νομούς Ιωαννίνων και Καστοριάς. Το 45% από αυτό ανήκει στο Ν. Ιωαννίνων και περιλαμβάνει αποκλειστικά εκτάσεις από την ευρύτερη περιοχή της Κόνιτσας (Δήμος Μαστοροχωρίων & Κοινότητα Αετομηλίτσας).
Σε γενικές γραμμές η περιοχή αυτή του δικτύου Natura 2000 περιλαμβάνει τις μεγάλες κορυφές: Γράμμος (ή Τσούκα αλ Πέτσιου) (2.521μ), Περήφανο ή Σκίρτσι (2.446μ.), Κιάφα (2.392μ.), Επάνω Αρρένα (2.192μ.), Κάτω Αρρένα (2.073)μ. κ.α., όπως επίσης τις λεκάνες απορροής των ρεμάτων Αετομηλίτσας, Κεφαλοχωρίου και μέρους εκείνης του Γοργοποτάμου, έως τη συμβολή τους με τον Σαραντάπορο.
Στα μεγαλύτερα υψόμετρα επικρατούν τα υπαλπικά λιβάδια, στα μεσαία τα εκτεταμένα δάση κωνοφόρων (μαύρης πεύκης και ελάτης) και οξυάς και χαμηλότερα και γύρω από τους οικισμούς δρυοδάση. Η περιοχή αυτή του δικτύου Natura 2000 διατηρεί εξαίσια ενδιαιτήματα σπάνιων ειδών άγριας πανίδας, όπως του αγριόγιδου, της αρκούδας, του χρυσαετού κά.
Όρος Δούσκον & Νεμέρτσικα (2209μ)
Περιλαμβάνει τα όρη Δούσκο και Νεμέρτσικα (2209μ) που βρίσκονται στα νοτιοδυτικά της ευρύτερης περιοχής της Κόνιτσας καθώς και αρκετές εκτάσεις πιο νότια στη γειτονική περιοχή του Πωγωνίου.
Από τα 17.883 εκτάρια της περιοχής αυτής μόνο ένα μικρό μέρος στα βόρειά της ανήκει στην περιοχή της Κόνιτσας και συγκεκριμένα στο Δήμο Κόνιτσας. Τα πετρώματα αποτελούνται από ασβεστόλιθο και φλύσχη. Η βλάστηση περιλαμβάνει πανέμορφα δάση δρυός, οστρυάς και γάβρου, μικτές συστάδες με σφενδάμια και λεπτοκαρυές καθώς και υποαλπικά λιβάδια στα μεγάλα υψόμετρα. Εντυπωσιακοί είναι οι κατά τόπους βραχώδεις σχηματισμοί. Ενδιαφέρον παρουσιάζει η ύπαρξη διαφόρων ειδών πουλιών και ειδικά των αρπακτικών, όπως ο χρυσαετός, ο ασπροπάρης, ο φιδαετός, το σαϊνι κά.
Καταφύγια Άγριας Ζωής
Στην ευρύτερη περιοχή της Κόνιτσας υπάρχουν ορισμένες περιοχές που έχουν θεσμοθετηθεί ως Καταφύγια Άγριας Ζωής ή περιοχές προσωρινής απαγόρευσης του κυνηγίου. Αν και στις περιοχές αυτές η ανθρώπινη παρουσία θα μπορούσε να είναι πιο διακριτική και να δοθεί ιδιαίτερη μέριμνα με επιστημονικό τρόπο στην προστασία της άγριας πανίδας, συνήθως οι μόνοι περιορισμοί που ισχύουν αφορούν το κυνήγι.
Καταφύγια Άγριας Ζωής μπορεί να εμπεριέχονται σε άλλες προστατευόμενες περιοχές, όπως είναι οι Εθνικοί Δρυμοί, τα Εθνικά Πάρκα και οι περιοχές Natura 2000, μια και η θεσμοθέτηση αυτών δεν εξαιρεί υποχρεωτικά τη θήρα. Καταφύγια Άγριας Ζωής και περιοχές προσωρινής απαγόρευσης του κυνηγίου στην ευρύτερη περιοχή της Κόνιτσας υπάρχουν στη χαράδρα του Αώου, στην Τύμφη, στην Τραπεζίτσα και στα νότια του Σμόλικα ανάμεσα από τα χωριά Πάδες και Άρματα. Επίσης άλλα Καταφύγια Άγριας Ζωής υπάρχουν στην κοιλάδα του Σαραντάπορου ανάμεσα από τα χωριά Πύργος και Πυρσόγιαννη και στα ορεινά του Γράμμου, και συγκεκριμένα στα απόκρημνα βράχια κοντά στο χωριό Πληκάτι και στα δάση και οροπέδια της Αετομηλίτσας.
Πανίδα
Πλούσια είναι η άγρια πανίδα της ευρύτερης περιοχής της Κόνιτσας τόσο σε συνολικό αριθμό ειδών όσο και στην παρουσία σπάνιων και προστατευόμενων ειδών σύμφωνα με την ελληνική και την ευρωπαϊκή νομοθεσία. Σχεδόν όλα τα μεγάλα θηλαστικά της ηπειρωτικής Ελλάδας είτε είναι σπάνια, όπως η αρκούδα (Ursus arctos), ο λύκος (Canis lupus), ο αγριόγατος (Felis sylvestris), η βίδρα (Lutra lutra), το αγριόγιδο (Rupicapra rupicapra balcanica) και το ζαρκάδι (Capreolus capreolus), είτε περισσότερο κοινά, όπως το αγριογούρουνο (Sus scrofa), παρουσιάζουν αξιόλογους πληθυσμούς στην περιοχή. Από το σύνολο των 161 ειδών πουλιών της περιοχής, μεγάλο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα αρπακτικά πουλιά και κυρίως ο ασπροπάρης (Neophron percnopterus), ο χρυσαετός (Aguila chrysaetos), ο πετρίτης (Falco pereginus), ο σταυραετός (Hieraetus pennatus), ο φιδαετός (Circaetus gallicus), και ο χρυσογέρακας (Falco biarmicus). Επίσης αξιόλογη είναι η παρουσία δρυοκολαπτών, όπως ο μεγάλος μαύρος δρυοκολάπτης (Dryocopus martius) και ο βαλκανικός δρυοκολάπτης (Dendrocopos syriaca) και αρκετών άλλων ειδών πουλιών, όπως η ορεινή πέρδικα (Alectoris graeca), η βουνοπαπαδίτσα (Parus montanus) και η τοιχόδρομα (Tichodroma muraria).
Βλάστηση
Πέντε ξεχωριστοί τύποι χαρακτηριστικών οικοσυστημάτων, που διακρίνονται μεταξύ τους ξεκάθαρα από την επικρατούσα βλάστηση, απλώνονται στην ευρύτερη περιοχή της Κόνιτσας.
Στα χαμηλά υψόμετρα (375μ έως 700μ) συναντούμε οικοσυστήματα αείφυλλων σκληρόφυλλων θαμνώνων, πιο πάνω οικοσυστήματα δρυοδασών (700μ-1000μ), στα μεσαία υψόμετρα (1000μ έως 1600μ) δάση κωνοφόρων και οξυάς, στα μεγάλα υψόμετρα (1600μ έως 2000μ) δάση λευκόδερμης πεύκης (ρόμπολο) και στα ανώτερα υψόμετρα (2000μ- 2637μ) υποαλπικά και αλπικά λιβάδια. Τα οικοσυστήματα αυτά αρκετά συχνά απλώνονται σε σχετικά μεγάλες εκτάσεις ή σχηματίζουν μικτά σύνολα, δίνοντας τη μορφή ενός σύνθετου μωσαϊκού, που οι επιμέρους ενότητές του ξεχωρίζουν από μακριά από το ιδιαίτερο χρώμα του φυλλώματος των διαφόρων δέντρων που το αποτελούν.